L'histoire du béguinage Sainte-Agnès s'étend sur plusieurs siècles. En 1258, Guillaume de Ryckel, abbé des bénédictins de Saint-Trond de 1248 à 1272, fait don d'un terrain à Saint-Trond aux béguines, qui sont alors dispersées dans la ville. Le terrain est situé hors des remparts de la ville, dans la vallée de la Cicindria.
En 1265, l'église du béguinage a été consacrée et les premières béguines ont emménagé dans le béguinage fermé. Plus tard, l'église a été agrandie, reconstruite et restaurée après des dommages. L'église du béguinage est le joyau du béguinage. Cette église est dédiée à Sainte Agnès et se trouve au centre de la propriété. En 1797, le béguinage a été abandonné et des non-béguines s'y sont installées.
En 1934, l'église est cédée aux “ Amis du béguinage de Saint-Trond ”. En 1935, après une restauration approfondie, l'église est désaffectée et aménagée en musée. C'est une première en Belgique. Des peintures murales ont été restaurées par Cornelis Leggenhoek (1903-1971) de Bruges.
Pendant la Seconde Guerre mondiale (1940-1945), l'église a subi des dommages dus aux bombardements. Des travaux de réparation ont ensuite eu lieu. En 1970, l'église du Béguinage a été transférée à la province du Limbourg. Par la suite, la conservation et la restauration des peintures murales ont été entreprises par l'Institut Royal du Patrimoine Artistique de Bruxelles.
Depuis 1998, le béguinage est inscrit sur la liste du patrimoine mondial de l'UNESCO et en 2004, la place du béguinage a été réaménagée.
L'église Begijnhof est particulièrement connue pour ses peintures plus que magnifiques. Il ne s'agit pas seulement de peintures murales, mais aussi d'œuvres d'art sur les piliers. Ces peintures couvrent la période du 13e au 17e siècle et témoignent fortement de la foi médiévale. De nombreuses peintures murales médiévales datent du début du 16e siècle. Elles ont été réalisées après la rénovation et la reconstruction de l'église entre 1489 et 1511. On y trouve des scènes consacrées à la vie de Marie, notamment le couronnement de Marie (14e et 16e siècles) et, du 16e siècle : l'Annonciation, la Présentation de Marie au Temple, le mariage de Marie et Joseph, la Nativité, la Dormition de Marie avec son Assomption et le Rosaire. Il y a aussi des peintures murales de Sainte Cécile, Sainte Claire, Saint François, Sainte Gertrude de Nivelles, Sainte Gudule de Bruxelles, Saint Hubert et Sainte Lucie, entre autres.
Le béguinage est situé sur la Speelhoflaan à Saint-Trond, juste à l'extérieur du centre-ville.